Управа граничне полиције, као организациона јединица Дирекције полиције у седишту Министарства, јесте јединствена, централизована и хијерархијски организована на централном, регионалном и локалном нивоу.

Организациона структура

 Управа граничне полиције у свом саставу има следеће организационе јединице:

• Одељење за границу кога чине:
  • Одсек за граничне провере у друмском саобраћају
  • Одсек за граничне провере у речном, железничком и ваздушном саобраћају,
  • Одсек за надзор границе,
  • Одсек за управно поступање у граничним пословима.

• Одељење за странце кога чине:
  • Одсек за привремени боравак и стално настањење,
  • Одсек за визе,
  • Одсек за контролу предузетих мера према странцима,
  • Одсек за прихват и смештај странаца (Прихватилишта за странце у Падинској Скели, Пландишту и Димитровграду)
• Одељење за сузбијање прекограничног криминала и ирегуларних миграција кога чине:
  • Одсек за сузбијање прекограничног криминала,
  • Одсек за сузбијање ирегуларних миграција,
  • Одсек за сузбијање зпоупотребе путних и других докумената,
  • Одсек за оперативне послове.
• Одељење за послове прекограничне сарадње
• Канцеларијa за азил коју чине:
  • Одсек за утврђивање права на азил,
  • Одсек за прикупљање и документовање података о земљама порекла.

• Одељење за интегрисано управљање границом и анализу ризика кога чине:
  • Одсек за интегрисано управљање границом,
  • Одсек за анализу ризика.
• Одељење за полицијске вештине и оперативну подршку кога чине:
  • Одсек за полицијске вештине,
  • Одсек за оперативну подршку,
  • Одсек за оперативну примену специјалне технике,
  • Одсек за професионалне стандарде.
• Регионални центри граничне полиције према суседним државама и унутрашње граничне прелазе:
  • Регионални центар граничне полиције према Хрватској – Нови Сад,
  • Регионални центар граничне полиције према Мађарској – Суботица,
  • Регионални центар граничне полиције према Румунији – Вршац,
  • Регионални центар граничне полиције према Бугарској – Димитровград,
  • Регионални центар граничне полиције према Македонији – Прешево,
  • Регионални центар граничне полиције према Црној Гори – Прибој,
  • Регионални центар граничне полиције према Босни и Херцеговини – Ужице,
  • Регионални центар граничне полиције за унутрашње граничне прелазе - Београд (Станица граничне полиције Београд, Станица граничне полиције Ниш - Аеродром и Станица граничне полиције Краљево).

У складу с надлежностима, Управа граничне полиције осигурава свакодневну радну повезаност и пуну координацију са регионалним центрима и станицама граничне полиције на терену, осталим линијама рада у оквиру МУП-а Републике Србије, као и другим државним органима и институцијама, обављајући послове: граничних провера у друмском, речном, железничком и ваздушном саобраћају; надзора државне границе;  сузбијања прекограничног криминала и ирегуларних миграција; интегрисаног управљања границом; анализе ризика; прекограничне сарадње; контроле  кретања  и боравка  странаца; азила;  обуке, контроле законитости у раду и  логистике.

У складу са потребама које се односе на јачање и даље унапређење међународне полицијске сарадње  са суседним земљама, од стране Управе граничне полиције спроводе се перманентне активности у оквиру заједничких контакт служби (центара/ канцеларија). Наведене активности се реализују на основу  Конвенције о полицијској сарадњи у југоисточној Европи (Беч 2006) или билетералних споразума о полицијској сарадњи. У досадашњем периоду  успостављене су заједничке контакт службе (центри/канцеларије) са следећи суседним земљама, и то према:

• Македонији - заједнички контакт центар Табановце - Прешево,
• Бугарској - заједнички контакт центар Калотина - Градина,
• Мађарској - заједнички контакт центар Реске - Хоргош,
• Хрватској - заједничка контакт служба Бајаково - Батровци,
• Босни и Херцеговини и Црној Гори - трилатерални заједнички контакт центар Требиње,
• Румунији - заједничка контакт канцеларија Портиле де Фиер 1 - Ђердап 1.

Управа граничне полиције у складу са Законом о полицији, Законом о граничној контроли и осталим прописима, као и на основу међународних уговора, обавља послове међународне сарадње, учествује у припреми прописа, анализа, извештаја и информација за надлежне органе Републике Србије, као и друге органе и организације.